Sõnumivahetuse suurim probleem on krüpteerimata andmeside. Õnneks on tänasel päeval võimalik kasutada sõnumivahetust ka krüpteerituna, näiteks Skype ja Facebook (https versioon). Paraku MS Windows Live Messenger krüpteerida ei võimalda.

Olulise teabe edastamisel sõnumivahetuses peab alati meeles pidama, et andmed liiguvad enamasti lihttekstina üle avaliku Interneti. Sellega kaasneb andmete lekkimise oht. Lahendusena võib sensitiivsed andmed paigutada krüpteeritud konteinerisse ja saata failina.

Failijagamist tavalisel kujul tuleks konfidentsiaalsuse tagamiseks kindlasti piirata. Alternatiiv on edastada failid krüpteeritud kujul.