Kui viirusetõrje leiab arvutist pahavara, siis tuleb otsustada, kas see fail paigutada karantiini või kustutada. Karantiini eeliseks on see, et kui on tegemist valehäirega (viirustõrje märgistas ekslikult faili lipuga „halb") ja mingi kriitilise failiga (näiteks Windowsis Explorer.exe, mille kustutamine võib põhjustada arvuti mittetöötamise), siis karantiinist saab seda lihtsalt taastada.

Karantiini paigutatud failid on ohutult eraldatud ülejäänud arvutist, neid ei saa käivitada, seega ei saa nad teha mingit kahju. Soovitus on paigutada nakatunud failid karantiini ja oma igapäeva tegevust jätkata. Kui kõik töötab edasi korralikult, siis mõne aja pärast (nädal või kaks) võib failid karantiinist kustutada jäädavalt (puhastada neid faile ei ole võimalik).